안녕하세요. 제주RISE센터 진영준 책임연구원입니다.
문의주신 내용에 대하여 아래와 같이 답변드립니다.

여행사가 수수료 없이 비자 발급 대행을 할 수 있는지 여부에 대해
보통 비자는 개인이 하고 있는데 어떤 이유로 여행사가 하는지는 이해가 가지 않습니다.

다만, 수수료 없이 여행사가 비자 발급 대행을 할 수 있다면 제한할 사항은 없습니다. 
지침에 따라 제한한다는 것은 사업비 집행 여부에 따라 타당성과 적절성을 판단할 뿐입니다.

해당 출장건에 대해 증빙을 잘 준비하셔서 차후 관련 정산할 때 제시해주시기 바랍니다.